Μέρος των πόρων του Κέντρου προέρχονται από χρηματοδοτήσεις προγραμμάτων της Ευρωπαϊκής Ένωσης και του Ελληνικού Δημοσίου, ενώ οι υπόλοιποι πόροι προέρχονται από έκτατες επιχορηγήσεις, δωρεές ιδιωτών και εισπράξεις από κοινωνικές εκδηλώσεις.
Η λειτουργία του Κέντρου Προσφύγων και Αιτούντων Άσυλο Θεσσαλονίκης βασίζεται κυρίως στη συμπαράσταση και ενεργό συμμετοχή του Δήμου και της Νομαρχίας Θεσσαλονίκης, των κοινωνικών φορέων / οργανώσεων, ευαισθητοποιημένων επιχειρήσεων, ενεργών πολιτών και των εθελοντών.
Το Κέντρο Προσφύγων Θεσσαλονίκης συνεργάζεται με τους παρακάτω φορείς:
-
Υπουργείο Απασχόλησης και Κοινωνικής Αλληλεγγύης.
- Υπουργείο Εσωτερικών (Γενική Γραμματεία Δημόσιας Τάξης).
- Νομαρχιακή και Τοπική Αυτοδιοίκηση.
- Διεύθυνση Αλλοδαπών Θεσσαλονίκης (Τμήμα Ασύλου).
- Ύπατη Αρμοστεία των Ηνωμένων Εθνών για τους Πρόσφυγες.
- Μη Κυβερνητικές Οργανώσεις (ΑΡΣΙΣ, PRAKSIS, κ.α.).